Ciao Elisa,
no, per lo stage non sono richiesti certificati medici non essendo tu una lavoratrice a tutti gli effetti (come ben dici non versi contributi all'Inps) ma una persona in formazione. Per di più, per un solo giorno di assenza, ci pare francamente anche fuori luogo. A nostro parere quello che dovresti fare è innanzi tutto leggere per bene quanto sottoscritto nella convenzione di stage, per assicurarti che non vi siano eventuali clausole che impongono la presentazione di certificati medici. Dopodiché, esclusa questa ipotesi, dovresti rivolgerti all'ente promotore (supponiamo che sia la stessa agenzia) chiedendo conto di questa richiesta e spiegando di non avere nessun obbligo in merito.
Facci sapere come va a finire, e un caro saluto