Buongiorno Annaliabi,
la normativa non dice in maniera esplicita con quale modalità deve essere effettuato il pagamento allo stagista, lasciando quindi libertà all'azienda ospitante di utilizzare il metodo che preferisce. Va specificato però che il trattamento dell'indennità di stage è equivalente a quello della busta paga di un normale dipendente, con analoga tassazione Irpef. Maggiori dettagli sono in questo nostro articolo: http://www.repubblicadeglistagisti.it/article/dichiarazione-redditi-stagisti.
Un caro saluto