Caro Nicola,
da quello che dici sembra di capire che il problema è chi deve attivare il tuo tirocinio, cioè chi fa da ente promotore, giusto? Gli studenti universitari e di conseguenza anche chi frequenta un master ha diritto a utilizzare l'ufficio stage della propria università o del centro che organizza il corso come ente promotore per tutta la durata degli studi (per i tirocini curriculari come il tuo). Dunque anche secondo noi il Cnr di Milano dovrebbe essere l'incaricato di attivare il tuo stage. Per ulteriori informazioni sulla normativa che regola gli stage in Sardegna puoi dare un'occhiata anche qui: http://www.repubblicadeglistagisti.it/article/best-stage-2015-ai-blocchi-di-partenza.
Un caro saluto